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인허가 업무 안내핵심 답변
기업부설연구소 설립은 법령상 '인정' 절차로, 기업이 연구전담요원과 독립 연구공간 등 인정기준을 갖춰 한국산업기술진흥협회에 인정 신청서를 내면 심사와 현장 확인을 거쳐 인정서가 발급됩니다. 근거 법률은 2026년 2월 1일부터 시행된 「기업부설연구소등의 연구개발 지원에 관한 법률」이며, 소기업은 연구전담요원 3명 이상(창업일부터 3년까지 2명 이상), 연구개발전담부서는 1명 이상이 필요합니다. 유선행정사사무소는 인정 신청서와 첨부서류 작성, 협회 접수, 변경신고를 대행합니다.
기업부설연구소 설립 대행 — 유선행정사사무소가 처리하는 업무
이런 고객이 맡깁니다
- 자체 기술 개발을 시작한 창업 초기 소기업·벤처기업
- 연구원이 늘어 연구개발전담부서를 기업부설연구소로 바꾸려는 중소기업
- 사무실 이전·연구원 교체로 변경신고가 필요한 기존 연구소 운영 기업
- 한국 법인을 세운 외국인투자기업
- 인정기준 미달로 보완명령을 받은 기업
기업부설연구소 설립·인정 한눈에 보기
- 대상
- 상법에 따라 성립한 회사, 중소기업 등 영업활동을 하는 기업이 설립·운영하는 연구기관(기업부설연구소) 또는 연구개발부서(연구개발전담부서)
- 요건
- 기업 규모별 연구전담요원 상시 확보(소기업 3명·중기업 5명·중견기업 7명·그 밖의 기업 10명 이상, 연구개발전담부서 1명 이상), 고정된 벽체와 별도 출입문으로 구분된 독립 연구공간, 그 공간 안의 연구 기자재
- 절차
- 인적·물적 요건 검토 → 연구공간 확보 → 한국산업기술진흥협회 인정 신청 → 서류 심사·현장 확인 → 인정서 발급 → 변경신고·연구개발 실적 제출
- 필요서류
- 인정 신청서, 연구개발활동 개요서, 연구 기자재 현황, 연구개발인력 현황, 기업 및 연구기관 조직도, 연구기관이 위치한 층의 전체 도면과 내부 도면(전용 출입구 현판·내부 사진 포함), 연구전담요원등 10명 이상이면 안전 관련 예산 명세서와 보험 가입증명서, 서비스 분야 기업은 중소기업 등 기준검토표 또는 부가가치세 신고서
- 처리기간
- 인정 심사는 서류 보완과 현장 확인 일정에 따라 달라집니다. 인정 후 변경신고는 사유 발생일부터 30일 이내, 연구개발 실적은 매년 4월 30일까지 제출합니다.
상황별 질문
실제로 많이 찾는 상황을 골라 결론부터 정리했습니다. 내 경우와 가까운 질문을 확인하세요.
창업한 지 2년 된 소기업인데 연구원 2명으로 기업부설연구소 인정을 받을 수 있나요?
결론 받을 수 있습니다. 소기업이 설립한 기업부설 연구기관은 연구전담요원 3명 이상이 원칙이지만 창업일부터 3년까지는 2명 이상이면 인원 기준을 충족합니다.
- 창업일부터 3년이 지나지 않은 소기업인 경우 자격을 갖춘 연구전담요원 2명과 독립 연구공간을 갖춰 인정 신청서를 냅니다. 창업 3년이 지나면 3명 기준이 적용되므로 그 전에 충원 계획을 세워 둡니다.
- 연구원·교원이 창업한 연구개발형 중소기업이나 벤처기업인 경우 연구전담요원 2명 이상 기준이 적용되며, 해당 기업임을 증명하는 서류를 함께 냅니다.
- 자격을 갖춘 연구원이 1명뿐인 경우 기업부설연구소 대신 연구개발전담부서(1명 이상)로 먼저 인정을 받는 방법을 검토합니다.
- 필요 서류
- 기업부설연구소 인정 신청서, 연구개발활동 개요서, 연구 기자재 현황, 연구개발인력 현황, 기업 및 연구기관 조직도, 층 전체 도면과 내부 도면·사진, 연구원·교원 창업 기업이면 이를 증명하는 서류
- 기간
- 실무상 서류 보완과 현장 확인 일정에 따라 달라집니다. 창업일부터 3년이 지나면 3명 기준이 적용됩니다.
연구원이 1명뿐인데 연구개발전담부서로 먼저 인정받고 나중에 연구소로 바꿔도 되나요?
결론 됩니다. 연구개발전담부서는 연구전담요원 1명 이상이면 인정받을 수 있고, 인력이 늘어 기업 규모별 기준을 채우면 기업부설연구소로 인정을 받는 경로를 많이 씁니다.
- 지금 연구전담요원이 1~2명인 경우 연구개발전담부서 인정 신청서(별지 제6호서식)로 신청하고, 연구공간과 연구 기자재 기준도 함께 갖춥니다.
- 기업 규모별 인원 기준(소기업 3명 등)을 채운 경우 기업부설연구소 인정 신청서(별지 제1호서식)로 신청해 기업부설연구소 인정서를 받습니다.
- 필요 서류
- 연구개발전담부서 또는 기업부설연구소 인정 신청서, 연구개발활동 개요서, 연구 기자재 현황, 연구개발인력 현황, 조직도, 층 전체 도면과 내부 도면·사진
- 기간
- 실무상 서류 보완과 현장 확인 일정에 따라 달라집니다.
사무실이 좁아 칸막이로 연구공간을 나눴는데 기업부설연구소로 인정되나요?
결론 중소기업·연구개발형 중소기업·벤처기업이 설립한 연구기관이나 정보서비스·소프트웨어개발 공급업 기업의 연구개발부서로서 50제곱미터를 넘는 면적을 확보할 수 없는 경우에는 칸막이 등으로 구분한 연구공간도 독립공간으로 봅니다.
- 위 기업에 해당하고 50제곱미터를 넘는 면적을 확보할 수 없는 경우 칸막이로 다른 부서와 구분된 공간에 연구 기자재를 두고, 도면과 출입구 현판·내부 사진으로 구분 상태를 보여 줍니다.
- 환기·냉난방·소방 등의 사유로 천장까지 벽을 세울 수 없는 경우 바닥에서 2미터 이상 고정된 벽체와 별도 출입문으로 구분하고, 연구 전용 공간으로 식별되며 건축 관계 법령에 맞으면 인정됩니다.
- 위 예외에 해당하지 않는 경우 고정된 벽체와 별도의 출입문으로 다른 부서와 구분된 독립공간을 마련합니다.
- 필요 서류
- 연구기관이 위치한 층의 전체 도면과 내부 도면, 전용 출입구 현판·내부 사진, 연구 기자재 현황
- 기간
- 실무상 공간 공사 전에 도면을 먼저 검토하면 보완 요구를 줄일 수 있습니다.
단독주택을 사무실로 쓰고 있는데 그 안에 기업부설연구소를 둘 수 있나요?
결론 둘 수 없습니다. 「건축법」의 단독주택·공동주택과 허가받지 않은 건물·가건물에는 기업부설연구소등을 설치하지 않는 것이 준수사항이며, 위반하면 인정취소 사유가 됩니다.
- 연구공간이 단독주택·공동주택 안에 있는 경우 주택이 아닌 허가받은 건물에 연구공간을 따로 마련한 뒤 인정을 신청합니다.
- 허가받은 건물이지만 다른 부서와 공간을 함께 쓰는 경우 독립공간 기준(고정 벽체·별도 출입문 또는 칸막이 예외)에 맞게 공간을 나눕니다.
- 필요 서류
- 새 연구공간이 있는 층의 전체 도면과 내부 도면, 전용 출입구 현판·내부 사진
- 기간
- 실무상 공간 마련 일정에 따라 신청 시점이 정해집니다.
연구전담요원이 영업이나 생산 업무를 같이 해도 되나요?
결론 안 됩니다. 연구를 전담하는 사람은 연구개발 관련 업무 외에 생산·판매·영업 등 다른 업무를 겸하지 않아야 하며, 위반하면 준수사항 위반으로 인정취소 사유가 됩니다.
- 직원 연구원이 다른 업무를 겸하고 있는 경우 조직도와 업무 분장을 연구개발 업무 중심으로 정리하고, 부족한 인원은 충원해 인원 기준을 맞춥니다.
- 창업일부터 3년이 지나지 않은 소기업의 대표가 연구개발 업무를 하는 경우 겸직 금지와 연구전담요원 제외 대상의 예외에 해당해 연구전담요원으로 인정될 수 있습니다.
- 창업 3년이 지난 기업의 대표인 경우 대표를 빼고도 인원 기준이 충족되는지 다시 계산합니다.
- 필요 서류
- 조직도, 연구개발인력 현황, 건강보험·국민연금 가입자 명부 등 직원임을 증명하는 자료
- 기간
- 인정취소 절차에서는 청문 15일 전까지 취소 원인과 의견제출 방법이 통지됩니다.
연구전담요원이 퇴사해서 인원이 기준보다 줄었는데 언제까지 무엇을 해야 하나요?
결론 연구개발인력 변경은 변경신고 대상이므로 사유가 생긴 날부터 30일 이내에 변경신고서를 한국산업기술진흥협회에 냅니다. 인원이 기준에 못 미치면 1개월 이상의 기간을 정한 보완명령이 내려지고, 이행하지 않으면 인정이 취소될 수 있습니다.
- 후임 연구원을 바로 채용한 경우 퇴사자와 신규 연구원을 반영해 변경신고하고, 신규 연구원의 자격기준 충족 여부를 함께 확인합니다.
- 당장 충원이 어려운 경우 보완명령 기간 안에 채용할 수 있도록 일정을 잡고, 기간 내 이행하지 못하면 인정취소 사유가 된다는 점을 고려합니다.
- 변경신고를 하지 않고 지나간 경우 신고사유 발생일부터 1년 이내에 신고하지 않으면 인정취소 사유가 되므로 지금이라도 신고합니다.
- 필요 서류
- 변경신고서, 변경사항을 증명하는 서류(퇴사·입사 사실, 신규 연구원 자격 증빙)
- 기간
- 변경신고 30일 이내, 보완명령 기간 1개월 이상, 신고사유 발생일부터 1년 내 미신고 시 인정취소 사유
회사 사무실을 이전하면 기업부설연구소 이전 신고도 따로 해야 하나요?
결론 기업이나 연구소의 소재지, 연구공간이 바뀌면 변경신고 대상이며 사유가 생긴 날부터 30일 이내에 변경신고서를 냅니다.
- 연구소도 새 사무실로 함께 옮기는 경우 새 공간이 독립공간 기준을 충족하도록 배치하고, 새 도면과 사진을 붙여 소재지·연구공간 변경신고를 합니다.
- 본사만 옮기고 연구소는 그대로인 경우 기업 소재지 변경으로 변경신고합니다.
- 이전할 곳이 단독주택·공동주택인 경우 설치 장소 제한에 걸리므로 다른 장소를 찾습니다.
- 필요 서류
- 변경신고서, 변경사항을 증명하는 서류, 새 연구공간의 층 전체 도면과 내부 도면·사진
- 기간
- 변경신고 사유 발생일부터 30일 이내
서비스업 회사도 기업부설연구소를 만들 수 있나요? 연구원 전공 기준이 다른가요?
결론 만들 수 있습니다. 산업디자인 분야 연구개발이나 인정대상 서비스 분야 업종을 주 업종으로 하는 기업의 연구개발은 자연계분야 전공이 아니어도 연구전담요원 자격이 인정됩니다.
- 인정대상 서비스 분야 업종이 주 업종인 경우 학사 이상 학위자, 서비스 분야 1급 이상 국가기술자격자 등으로 연구전담요원을 구성하고, 중소기업 등 기준검토표 또는 부가가치세 신고서를 함께 냅니다.
- 중소기업인 경우 전문학사와 경력 2년, 서비스 분야 2급 또는 단일등급 자격과 경력 2년 등도 추가로 인정됩니다.
- 제조·기술 분야 연구인 경우 자연계분야 학사 이상 학위자 또는 기사 이상 기술자격자가 기본 자격입니다.
- 필요 서류
- 인정 신청서, 연구개발활동 개요서, 연구개발인력 현황, 중소기업 등 기준검토표 또는 부가가치세 신고서, 층 전체 도면과 내부 도면·사진
- 기간
- 실무상 업종 해당 여부 검토와 서류 보완에 따라 달라집니다.
기업부설연구소 인정을 받은 뒤 어떤 경우에 인정이 취소되나요?
결론 거짓·부정한 방법으로 인정받은 경우, 기업이 취소를 요청하거나 폐업한 경우에는 반드시 취소되고, 변경신고 1년 내 미신고, 보완명령 불이행, 준수사항 위반, 현장조사 거부, 활동이 없는 경우 등은 취소될 수 있습니다.
- 거짓이나 부정한 방법으로 인정을 받은 경우 인정이 취소되고 취소일부터 1년간 인정 신청을 할 수 없으며, 500만원 이하의 과태료 대상이 됩니다.
- 인원·공간이 인정기준에 못 미치게 된 경우 1개월 이상의 보완명령 기간 안에 충원하거나 공간을 고칩니다.
- 준수사항(겸직 금지·설치 장소·매년 연구개발 실적 제출·자료 제출)을 지키지 못한 경우 인정취소 사유가 되므로 매년 4월 30일까지 연구개발 실적을 내는 등 사후관리 일정을 관리합니다.
- 필요 서류
- 보완명령 대응 시 충원·공간 보완 증빙, 의견제출 자료, 연구개발 실적
- 기간
- 청문 15일 전까지 통지, 보완명령 기간 1개월 이상, 연구개발 실적 매년 4월 30일까지
기업부설연구소 설립 비용은 얼마인가요? 무엇부터 준비해야 하나요?
결론 들어가는 비용은 이미 갖춘 연구인력·연구공간과 새로 마련해야 할 부분에 따라 크게 달라지므로, 인정기준 가운데 무엇이 부족한지부터 확인하는 것이 순서입니다. 인정 신청은 한국산업기술진흥협회 온라인 시스템으로 접수합니다.
- 연구전담요원과 독립 연구공간을 이미 갖춘 경우 서류 작성과 도면·사진 준비, 협회 접수가 중심이 됩니다.
- 연구공간을 새로 나눠야 하는 경우 벽체·출입문 공사 전에 독립공간 기준과 칸막이 예외 해당 여부를 도면으로 먼저 검토합니다.
- 연구원 자격이 애매한 경우 학위·자격·경력 자료로 자격기준 충족 여부를 먼저 확인합니다.
- 필요 서류
- 인정 신청서, 연구개발활동 개요서, 연구 기자재 현황, 연구개발인력 현황, 조직도, 층 전체 도면과 내부 도면·사진
- 기간
- 실무상 공간 준비와 서류 보완에 걸리는 시간에 따라 전체 일정이 정해집니다.
기업부설연구소 설립 대행, 행정사에게 맡기면 어디까지 해 주나요?
결론 기업 규모별 연구전담요원 수·자격 검토, 연구공간 도면·사진 준비, 인정 신청서와 연구개발활동 개요서·현황 서류 작성, 한국산업기술진흥협회 접수, 현장 확인과 보완 대응, 인정 후 변경신고까지 맡습니다. 연구공간 공사와 세액공제 신고는 하지 않습니다.
- 처음 인정을 받으려는 경우 요건 검토부터 인정서 발급까지 신청 서류 작성과 접수를 진행합니다.
- 이미 인정받은 연구소를 운영하는 경우 연구원 교체·이전에 따른 변경신고와 보완명령 대응 서류를 준비합니다.
- 연구·인력개발비 세액공제를 받으려는 경우 세액공제 적용과 신고는 세무사 등 세무전문가가 확인합니다.
- 필요 서류
- 사업자등록 정보, 연구원 학위·자격·경력 자료, 사무실 도면과 사진, 조직도
- 기간
- 실무상 공간 준비와 서류 보완 여부에 따라 달라집니다.
외국인투자기업인 한국 법인도 기업부설연구소 인정을 받을 수 있나요?
결론 상법에 따라 성립한 회사라면 인정 대상 기업이며, 기업 규모에 맞는 연구전담요원 수와 독립 연구공간 기준을 똑같이 갖추면 됩니다.
- 국내 법인이 국내에 연구소를 두는 경우 중소기업·중견기업·그 밖의 기업 구분에 따라 인원 기준(3명·5명·7명·10명 이상 등)을 맞춰 신청합니다.
- 국외에 기업부설 연구기관을 두는 경우 연구전담요원 5명 이상 기준이 적용됩니다.
- 필요 서류
- 인정 신청서, 연구개발활동 개요서, 연구 기자재 현황, 연구개발인력 현황, 조직도, 층 전체 도면과 내부 도면·사진, 중견기업이면 이를 증명하는 서류
- 기간
- 실무상 서류 보완과 현장 확인 일정에 따라 달라집니다.
목차
기업부설연구소 인정이란?
기업부설연구소 인정은 기업의 연구개발 조직이 법정 인정기준(연구인력·연구시설)을 충족하는지를 과학기술정보통신부장관이 확인하고 인정서를 발급하는 제도입니다. 인정 업무는 한국산업기술진흥협회에 위탁되어 있습니다.
또한 법령상 용어는 "설립신고"가 아니라 인정입니다. 기업부설연구소등의 연구개발 지원에 관한 법률은 인정기준을 충족하는 기업부설 연구기관 또는 기업의 연구개발부서를 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서로 인정할 수 있다고 정하며, 신고는 인정 이후의 변경신고에만 해당합니다.
기업부설연구소와 연구개발전담부서의 차이
기업부설연구소는 기업이 연구개발을 수행하기 위하여 설립·운영하는 부설 연구기관으로서 인정받은 것이고, 연구개발전담부서는 기업에서 연구개발을 전담하여 수행하는 부서로서 인정받은 것입니다. 요구되는 연구전담요원 수가 크게 다르므로(전담부서는 1명 이상) 초기에는 전담부서로 인정받고 인력이 늘면 연구소로 전환하는 경로를 많이 활용합니다. 두 제도의 비교는 연구개발전담부서와 기업부설연구소 차이에서 다룹니다.
인정 대상 기업
기업부설연구소등의 연구개발 지원에 관한 법률은 기업부설연구소를 설립·운영할 수 있는 "기업"의 범위를 다음과 같이 정하고 있습니다.
- 「상법」의 회사로서 같은 법에 따라 성립한 회사
- 「중소기업기본법」에 따른 중소기업
- 「지방공기업법」에 따른 지방공사와 같은 법에 따른 지방공단
- 「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따른 공기업
- 「산업기술연구조합 육성법」에 따른 산업기술연구조합
- 그 밖에 재화 및 서비스의 생산·판매 등 영업활동을 하는 기관·단체로서 대통령령으로 정하는 기관·단체
즉 영리활동을 하는 기업이 대상이며, 대학이나 정부출연연구기관 등은 "공공연구기관"으로 별도 분류되어 기업부설연구소 인정 대상이 아닙니다.
인적요건 — 연구전담요원
1. 기업 규모별 연구전담요원 수
인정기준의 핵심은 연구전담요원을 상시 확보하는 것입니다.
| 구분 | 연구전담요원 수 |
|---|---|
| 소기업이 설립한 기업부설 연구기관 | 3명 이상(창업일부터 3년까지는 2명 이상) |
| 중기업이 설립한 기업부설 연구기관 | 5명 이상(소기업에서 중기업이 된 날부터 1년까지는 3명 이상) |
| 연구원·교원이 창업한 연구개발형 중소기업 또는 벤처기업 | 2명 이상 |
| 중견기업이 설립한 기업부설 연구기관 | 7명 이상 |
| 그 밖의 기업부설 연구기관 | 10명 이상 |
| 국외에 있는 기업부설 연구기관 | 5명 이상 |
| 기업의 연구개발부서(연구개발전담부서) | 1명 이상 |
"연구원·교원이 창업한 연구개발형 중소기업"이란 대학·산업대학·전문대학·기술대학, 과학기술분야 정부출연연구기관, 전문생산기술연구소, 정부출연연구기관, 특정연구기관, 국공립연구기관에 소속된 연구원 또는 교원이 「벤처기업육성에 관한 특별법」에 따라 휴직·겸임·겸직으로 창업하거나 퇴직 후 3년 이내에 창업한 중소기업을 말합니다.
2. 연구전담요원의 자격기준
기업 규모와 무관하게 인정되는 자격은 다음 두 가지입니다.
- 「대학설립·운영 규정」에 따른 자연과학계열·공학계열 및 의학계열(자연계분야)의 학사 이상 학위를 가진 사람
- 「국가기술자격법」에 따른 기술·기능 분야의 기사 이상 기술자격을 가진 사람
다음 자격은 중소기업에만 적용됩니다.
- 자연계분야 전문학사 + 연구개발 경력 2년 이상(3년제 전문대학 졸업은 1년 이상)
- 기술·기능 분야 산업기사 + 연구개발 경력 2년 이상
- 산업수요 맞춤형 고등학교(마이스터고) 또는 특성화고등학교 졸업 + 연구개발 경력 4년 이상
- 기술·기능 분야 기능사 + 연구개발 경력 4년 이상
- 「고등교육법 시행령」에 따른 학력인정자 중 자연계분야 전공 + 경력 2년 이상(3년제 수준은 1년 이상)
- 「국민 평생 직업능력 개발법」에 따른 자연계 분야 다기능기술자과정 수료 + 경력 2년 이상(3년제 수준은 1년 이상)
3. 산업디자인·서비스 분야의 특례
산업디자인 분야의 연구개발활동을 수행하거나, 시행령이 정한 유흥 등 관련 분야를 제외한 인정대상 서비스 분야 업종을 주 업종으로 하는 기업의 연구개발활동을 수행하는 경우에는 자연계분야 전공이 아니어도 됩니다. 학사 이상 학위자, 국가기술자격법상 서비스 분야 1급 이상 자격자 등이 인정되고, 중소기업에 한해 전문학사 + 경력 2년, 서비스 분야 2급 또는 단일등급 자격 + 경력 2년 등이 추가로 인정됩니다.
4. 연구전담요원이 될 수 없는 사람
- 건강보험 가입자 명부, 국민연금 사업장가입자 명부, 근로소득 원천징수부 등으로 해당 기업의 직원임을 증명할 수 없는 사람
- 대학원 주간과정에서 수학하는 사람(연구개발활동과 관련된 박사학위과정, 국가연구개발사업에 참여하면서 석사학위과정에 있는 사람으로서 연구개발활동에 지장이 없는 경우는 제외)
- 연구기관에서 계속하여 6개월 이상 연구개발활동을 수행할 수 없는 사람
- 대표자·감사·비상임이사 등 직무상 상시 연구개발활동을 전담할 수 없는 사람 — 다만 창업일부터 3년이 지나지 않은 소기업의 대표자로서 연구개발 관련 업무를 하는 사람은 제외
- 외국인등록증 보유자 중 산업연수생
인력 요건 관리 실패가 인정취소로 이어지는 사례가 많으므로 기업부설연구소 인정취소 리스크 관리를 함께 확인하세요.
소기업·벤처기업 연구원 수와 연구전담요원 변경신고
소기업이 설립한 기업부설 연구기관은 3명 이상(창업일부터 3년까지는 2명 이상), 중기업은 5명 이상(소기업에서 중기업이 된 날부터 1년까지는 3명 이상), 연구원·교원이 창업한 연구개발형 중소기업 또는 벤처기업은 2명 이상, 중견기업은 7명 이상, 그 밖의 기업은 10명 이상, 국외에 있는 기업부설 연구기관은 5명 이상입니다. 연구개발전담부서는 1명 이상이면 됩니다. 소기업·벤처기업 해당 여부에 따라 요건이 달라지므로 기업 유형부터 확인합니다.
연구전담요원 변경은 변경신고 대상이며, 변경 시 인적요건 충족 여부를 다시 확인해야 합니다. 변경신고 사유가 발생한 날부터 30일 이내에 별지 제8호서식의 변경신고서를 한국산업기술진흥협회에 제출해야 합니다.
물적요건 — 연구시설
1. 연구공간
원칙은 고정된 벽체와 별도의 출입문으로 다른 부서와 구분하여 독립적인 공간을 확보하는 것입니다. 다만 다음 두 경우에는 독립공간을 확보한 것으로 봅니다.
- 50제곱미터 예외 — 중소기업자가 설립한 기업부설연구기관등, 연구개발형 중소기업 또는 벤처기업이 설립한 기업부설연구기관등, 정보서비스 또는 소프트웨어개발 공급업을 영위하는 기업의 연구개발부서로서 50제곱미터를 초과하는 면적을 확보할 수 없는 경우에는 칸막이 등으로 다른 부서와 구분되는 연구공간을 확보한 경우
- 2미터 벽체 예외 — 환기, 공기정화, 난방, 냉방, 소방, 연구개발 등의 사유로 바닥부터 천장까지 벽체로 구분할 수 없는 경우로서 ① 바닥에서 높이 2미터 이상의 고정된 벽체(분리 이동이 가능한 벽체 포함)와 별도의 출입문으로 구분하고 ② 연구개발을 위한 전용 공간으로 명확히 식별될 수 있으며 ③ 「건축법」 등 건축 관계 법령에 적합한 경우
면적은 연구전담요원과 연구보조원이 상시적으로 근무하는 데에 필요한 최소한의 면적(연구 기자재를 설치한 후의 면적) 이상을 확보해야 합니다.
2. 연구 기자재와 부대시설
- 연구 기자재 — 연구전담요원등이 연구개발활동에 직접 사용하는 기계·기구 및 재료로서 위 기준에 맞는 연구공간 안에 위치해야 합니다.
- 부대시설 — 연구개발활동을 위하여 제작한 구축물과 연구전담요원등이 전용으로 사용하는 회의실·기숙사 등 편의시설로서 기업부설연구기관등의 주소지에 있어야 합니다(부대시설을 두는 경우만 해당).
3. 외부 기관 시설 사용 시
대학·정부출연연구기관 등 외부 기관 내의 연구시설을 사용하여 요건을 충족하려면 그에 대한 배타적 사용 권한을 보유해야 합니다.
4. 설치할 수 없는 장소
기업부설연구소등의 연구개발 지원에 관한 법률은 「건축법」의 단독주택, 공동주택 및 같은 법에 따라 허가받지 아니한 건물 또는 가건물에는 기업부설연구소등을 설치하지 아니할 것을 준수사항으로 정하고 있습니다. 아파트 등 공동주택은 설치 불가입니다.
5. 2개 이상 설치하는 경우
같은 기업이 2개 이상의 기업부설연구소등에 대하여 인정을 신청하는 경우에는 전문연구 분야(한국표준산업분류에 따른 업종) 또는 주소지가 서로 달라야 합니다.
인정 절차
1단계 — 인정 신청
기업부설연구소는 별지 제1호서식, 연구개발전담부서는 별지 제6호서식의 인정 신청서에 첨부서류를 붙여 한국산업기술진흥협회에 제출합니다(정보통신망 제출 포함).
- 연구개발활동 개요서, 연구 기자재 현황(제3호서식), 연구개발인력 현황(제4호서식)
- 기업 및 기업부설 연구기관 조직도
- 연구기관이 위치한 층의 전체 도면 및 내부 도면(전용 출입구 현판 및 내부 사진 포함)
- 연구전담요원등의 총수가 10명 이상인 경우 「연구실 안전환경 조성에 관한 법률」에 따른 안전 관련 예산 명세서와 보험 가입증명서
- 인정대상 서비스 분야 기업은 중소기업 등 기준검토표 또는 부가가치세 신고서
- 연구원·교원 창업 중소기업, 중견기업은 이를 증명하는 서류
사업자등록증명과 소기업·중기업 증명서류는 행정정보 공동이용으로 확인됩니다.
2단계 — 심사와 인정서 발급
한국산업기술진흥협회는 신청을 받아 인정한 경우 기업부설연구소는 별지 제5호서식, 연구개발전담부서는 별지 제7호서식의 인정서를 발급합니다. 인정서를 발급하거나 재발급할 때에는 변경신고 등 관련 법령에 따른 의무사항을 알려야 합니다.
3단계 — 변경신고(30일 이내)
다음 사항이 바뀌면 변경신고 사유가 발생한 날부터 30일 이내에 별지 제8호서식의 변경신고서를 제출해야 합니다.
- 기업에 관한 사항 — 명칭, 소재지, 대표자, 기업 유형, 업종
- 기업부설연구소등에 관한 사항 — 명칭, 소재지, 연구 분야, 기업부설연구소장, 연구개발인력, 연구공간
소재지 이전이나 연구공간 변경 실무는 기업부설연구소 이전·해산 처리 실무를 참고하세요.
준수사항·인정취소
준수사항 4가지
- 겸직 금지 — 연구를 전담하는 자는 연구개발 관련 업무 외에 생산·판매·영업 등 다른 업무를 겸하지 아니할 것(창업 3년 미만 소기업의 대표자 겸직은 예외)
- 설치 장소 제한 — 단독주택, 공동주택, 무허가 건물 또는 가건물에 설치하지 아니할 것
- 연구개발 실적 제출 — 과학기술정보통신부장관이 정하는 바에 따라 매년 제출할 것
- 자료 제출 — 실태조사 등을 위해 요청하는 자료를 제출할 것
사후관리 요령은 기업부설연구소 사후관리 체크리스트에서 정리했습니다.
인정취소 사유
다음에 해당하면 인정이 취소될 수 있고, 그중 첫째·둘째 항목은 반드시 취소해야 합니다.
- 거짓 또는 부정한 방법으로 인정을 받거나 변경신고를 한 경우(필요적 취소, 취소일부터 1년간 재신청 불가)
- 기업이 인정취소를 요청한 경우, 기업이 폐업한 경우(필요적 취소)
- 연구소등의 폐쇄 사실이 확인된 경우
- 변경신고를 신고사유 발생일부터 1년 이내에 하지 아니한 경우
- 보완명령을 기간 내에 이행하지 아니한 경우(보완명령은 1개월 이상의 기간을 정해 부과)
- 준수사항을 위반한 경우, 현장조사를 정당한 사유 없이 거부·방해·기피한 경우
- 「연구실 안전환경 조성에 관한 법률」 등 다른 법률에 따른 제한으로 연구개발을 수행할 수 없게 된 경우
- 연구소등의 활동이 없다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 경우
인정을 취소하려면 청문을 실시해야 하며, 청문 15일 전까지 취소 대상 연구소의 명칭·주소, 취소 원인 사실, 의견제출 방법과 기한, 청문일자와 인정취소 예정일 등을 기업에 통지해야 합니다. 다만 기업이 인정취소를 요청했거나 폐업한 경우, 또는 의견제출기한까지 의견진술의 기회를 포기한다는 뜻을 명백히 표시한 경우에는 청문을 실시하지 않을 수 있습니다.
기업부설연구소 변경신고와 연구인력개발비 세액공제
신고 대상은 기업의 명칭·소재지·대표자·기업 유형·업종과, 기업부설연구소등의 명칭·소재지·연구 분야·연구소장·연구개발인력·연구공간입니다. 신고사유가 발생한 날부터 1년 이내에 변경신고를 하지 않으면 인정이 취소될 수 있습니다.
일반연구·인력개발비의 당기분 공제율은 중소기업 25%, 중견기업 8%이며, 증가분 방식을 선택하면 중소기업 50%·중견기업 40%가 적용됩니다. 신성장·원천기술 연구개발비는 중소기업 30%, 국가전략기술 연구개발비는 중소기업 40%에 수입금액 대비 비율을 더한 공제율이 적용됩니다. 다만 인정이 취소되면 취소 사유에 따라 인정취소일 등 정해진 날 이후 발생한 비용에는 공제가 적용되지 않습니다. 세액공제 적용과 신고는 세무사 등 세무전문가 확인이 필요합니다.
전문가 상담
유선행정사사무소는 기업 인허가·인정 신청 업무를 수행하는 행정사 사무소입니다. 대표 행정사 정유선을 포함한 행정사와 실무 사무장이 기업 규모별 연구전담요원 수·자격 검토, 연구공간 설계와 도면·사진 준비, 인정 신청서 작성과 한국산업기술진흥협회 접수, 현장 확인 대응, 변경신고와 사후관리까지 맡습니다.
연구소 인정은 벤처기업·이노비즈 인증의 연구개발유형 요건이자 R&D지원사업 참여의 가점 요소이기도 합니다. 요건 전반은 기업부설연구소 설립 요건 총정리, 세액공제는 연구·인력개발비 세액공제 실무를 참고하세요. 개별 사안 검토는 견적 문의 또는 상담으로 신청하실 수 있습니다. 전화 02-325-8222.
처리 프로세스
요건검토
연구소 인정 기준 확인. 기업 규모별 연구전담요원 수(소기업 3명·중기업 5명·중견기업 7명·그 밖 10명, 전담부서 1명)와 자격기준 충족 여부를 먼저 점검합니다.
공간 확보
전용 연구공간 확보 지원. 고정된 벽체와 별도의 출입문으로 다른 부서와 구분된 독립공간을 확보하고, 연구 기자재를 그 공간 안에 배치합니다.
KOITA 신청
온라인 시스템 접수. 별지 제1호서식 인정 신청서와 연구개발활동 개요서·연구 기자재 현황·연구개발인력 현황·도면 등을 한국산업기술진흥협회에 제출합니다.
심사·현장확인
제출서류 검토와 현장 확인을 통해 인정기준(연구인력·연구시설) 충족 여부를 확인합니다.
인정완료
연구소 인정서 수령. 기업부설연구소는 별지 제5호서식, 연구개발전담부서는 별지 제7호서식의 인정서가 발급됩니다.
사후관리
명칭·소재지·대표자·기업유형·업종, 연구 분야·연구소장·연구개발인력·연구공간이 바뀌면 30일 이내에 변경신고하고, 매년 연구개발 실적을 제출합니다.
FAQ
Q. 기업부설연구소는 신고 대상인가요, 인정 대상인가요?
A. 인정 대상입니다. 「기업부설연구소등의 연구개발 지원에 관한 법률」은 "과학기술정보통신부장관은 연구인력 및 시설 등 대통령령으로 정하는 기준을 충족하는 기업부설 연구기관 또는 기업의 연구개발부서를 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서로 인정할 수 있다"고 정합니다. 실무에서 "연구소 설립신고"라고 부르지만, 법령상 신고는 인정 이후의 변경신고에만 해당합니다.
Q. 근거 법률이 바뀌었다고 하던데요?
A. 맞습니다. 종전에는 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」이 기업부설연구소 인정의 근거였으나, 「기업부설연구소등의 연구개발 지원에 관한 법률」이 제정되어 2026년 2월 1일부터 시행되면서 인정·취소·준수사항·지원에 관한 규정이 이 법으로 이관되었습니다. 종전 법에 따라 인정받은 기업부설연구소와 연구개발전담부서는 새 법에 따라 인정받은 것으로 봅니다.
Q. 연구전담요원은 몇 명이 필요한가요?
A. 기업 규모에 따라 다릅니다. 소기업이 설립한 기업부설 연구기관은 3명 이상(창업일부터 3년까지는 2명 이상), 중기업은 5명 이상(소기업에서 중기업이 된 날부터 1년까지는 3명 이상), 연구원·교원이 창업한 연구개발형 중소기업 또는 벤처기업은 2명 이상, 중견기업은 7명 이상, 그 밖의 기업은 10명 이상, 국외에 있는 기업부설 연구기관은 5명 이상입니다. 연구개발전담부서는 1명 이상이면 됩니다.
Q. 연구전담요원 자격 기준은?
A. 이공계 학사 이상 학위자 또는 관련 분야 경력자 등이 해당하며, 자격 기준을 상담 시 상세히 안내해 드립니다. 기업 규모와 무관하게 인정되는 자격은 ① 자연과학·공학·의학계열(자연계분야)의 학사 이상 학위자 ② 「국가기술자격법」상 기술·기능 분야 기사 이상 자격자입니다. 중소기업에만 추가로 인정되는 자격으로 자연계분야 전문학사 + 연구개발 경력 2년(3년제는 1년), 산업기사 + 경력 2년, 마이스터고·특성화고 졸업 + 경력 4년, 기능사 + 경력 4년 등이 있습니다.
Q. 대표이사도 연구전담요원이 될 수 있나요?
A. 원칙적으로 대표자·감사·비상임이사 등 직무상 상시 연구개발활동을 전담할 수 없는 사람은 연구전담요원이 될 수 없습니다. 다만 창업일부터 3년이 지나지 않은 소기업의 대표자로서 연구개발과 관련된 업무를 하는 사람은 제외되어 연구전담요원으로 인정될 수 있습니다. 같은 취지로 연구전담요원의 겸직 금지에도 창업 3년 미만 소기업 대표 겸직 예외가 있습니다.
Q. 연구공간은 얼마나 필요한가요?
A. 연구전담요원 전용 공간으로, 고정된 벽체와 별도의 출입문으로 다른 부서와 구분되어야 합니다. 면적은 연구전담요원과 연구보조원이 상시적으로 근무하는 데 필요한 최소한의 면적(연구 기자재를 설치한 후의 면적) 이상이어야 합니다.
Q. 칸막이로 구분해도 인정되나요?
A. 예외적으로 가능합니다. ① 중소기업자·연구개발형 중소기업·벤처기업이 설립한 기업부설연구기관등이나 정보서비스·소프트웨어개발 공급업 기업의 연구개발부서로서 50제곱미터를 초과하는 면적을 확보할 수 없는 경우에는 칸막이 등으로 다른 부서와 구분되는 연구공간을 확보하면 독립공간을 확보한 것으로 봅니다. ② 환기·공기정화·난방·냉방·소방·연구개발 등의 사유로 바닥부터 천장까지 벽체로 구분할 수 없는 경우에는 바닥에서 높이 2미터 이상의 고정된 벽체(분리 이동이 가능한 벽체 포함)와 별도의 출입문으로 구분하고, 연구개발 전용 공간으로 명확히 식별되며, 건축 관계 법령에 적합하면 인정됩니다.
Q. 아파트나 주택에 연구소를 둘 수 있나요?
A. 둘 수 없습니다. 「기업부설연구소등의 연구개발 지원에 관한 법률」은 「건축법」의 단독주택, 공동주택 및 같은 법에 따라 허가받지 아니한 건물 또는 가건물에는 기업부설연구소등을 설치하지 아니할 것을 준수사항으로 정하고 있습니다. 이를 위반하면 인정취소 사유가 됩니다.
Q. 한 기업이 연구소를 2개 이상 둘 수 있나요?
A. 가능합니다. 다만 같은 기업이 2개 이상의 기업부설연구소등에 대하여 인정을 신청하는 경우에는 전문연구 분야(한국표준산업분류에 따른 업종) 또는 주소지가 서로 달라야 합니다.
Q. 어디에 신청하나요?
A. 과학기술정보통신부장관의 인정 업무는 한국산업기술진흥협회(KOITA)에 위탁되어 있습니다. 인정 신청의 접수·처리와 인정, 인정서 발급, 변경신고 접수, 인정취소·보완명령·청문 실시까지 협회가 수행합니다. 기업부설연구소는 별지 제1호서식, 연구개발전담부서는 별지 제6호서식으로 신청합니다.
Q. 변경사항은 언제까지 신고해야 하나요?
A. 변경신고 사유가 발생한 날부터 30일 이내에 별지 제8호서식의 변경신고서를 한국산업기술진흥협회에 제출해야 합니다. 신고 대상은 기업의 명칭·소재지·대표자·기업 유형·업종과, 기업부설연구소등의 명칭·소재지·연구 분야·연구소장·연구개발인력·연구공간입니다. 신고사유가 발생한 날부터 1년 이내에 변경신고를 하지 않으면 인정이 취소될 수 있습니다.
Q. 인정 후 세제 혜택은 어떻게 되나요?
A. 인정받은 연구소의 연구원 인건비 등은 연구·인력개발비 세액공제 대상이 될 수 있습니다. 일반연구·인력개발비의 당기분 공제율은 중소기업 25%, 중견기업 8%이며, 증가분 방식을 선택하면 중소기업 50%·중견기업 40%가 적용됩니다. 신성장·원천기술 연구개발비는 중소기업 30%, 국가전략기술 연구개발비는 중소기업 40%에 수입금액 대비 비율을 더한 공제율이 적용됩니다. 다만 인정이 취소되면 취소 사유에 따라 인정취소일 등 정해진 날 이후 발생한 비용에는 공제가 적용되지 않습니다. 세액공제 적용과 신고는 세무사 등 세무전문가 확인이 필요합니다.
Q. 소기업이나 벤처기업은 연구원이 몇 명 있어야 하나요?
A. 기업규모별로 연구전담요원 수 기준이 다르게 정해져 있습니다. 소기업·벤처기업 해당 여부에 따라 요건이 달라지므로 기업 유형부터 확인합니다.
Q. 연구전담요원이 바뀌면 신고해야 하나요?
A. 네. 연구전담요원 등 연구개발인력이 바뀌면 변경신고 대상이며, 변경신고 사유가 발생한 날부터 30일 이내에 변경신고서를 한국산업기술진흥협회에 제출해야 합니다. 변경 후에도 인정기준의 인원 요건을 충족하는지 함께 확인해야 하고, 신고사유가 발생한 날부터 1년 이내에 신고하지 않으면 인정이 취소될 수 있습니다.
기업부설연구소 설립·인정 용어 설명
- 기업부설연구소
- 기업이 연구개발을 수행하기 위하여 설립·운영하는 부설 연구기관으로서 인정기준을 충족해 과학기술정보통신부장관의 인정을 받은 것입니다.
- 연구개발전담부서
- 기업에서 연구개발을 전담하여 수행하는 부서로서 인정받은 것으로, 연구전담요원 1명 이상이면 됩니다.
- 연구전담요원
- 자연계분야 학사 이상 학위나 기사 이상 기술자격 등 자격기준을 갖추고 연구개발활동을 전담하는 해당 기업의 직원입니다.
- 인정기준
- 기업부설연구소등으로 인정받기 위해 갖춰야 하는 연구인력(연구전담요원 수·자격)과 연구시설(독립 연구공간·연구 기자재) 기준입니다.
- 독립 연구공간
- 고정된 벽체와 별도의 출입문으로 다른 부서와 구분된 연구 전용 공간으로, 일정한 중소기업 등은 칸막이 구분도 인정됩니다.
- 변경신고
- 기업이나 기업부설연구소등의 명칭·소재지·연구 분야·연구소장·연구개발인력·연구공간 등이 바뀐 날부터 30일 이내에 한국산업기술진흥협회에 하는 신고입니다.
- 보완명령
- 기업부설연구소등이 인정기준을 충족하지 못하게 된 경우 1개월 이상의 기간을 정하여 이를 보완하도록 하는 명령입니다.
- 인정취소
- 거짓 인정, 폐업, 변경신고 1년 내 미신고, 보완명령 불이행, 준수사항 위반 등이 있을 때 청문을 거쳐 인정을 취소하는 처분입니다.
사무소 안내
유선행정사사무소
유선행정사사무소는 서울 중구 퇴계로에 있는 행정사사무소로, 행정기관에 내는 인허가·등록·신고 서류의 작성과 제출 대행을 맡습니다. 한국어·영어·중국어·일본어로 상담합니다.
- 주소
- (04614) 서울특별시 중구 퇴계로 324, 3층(광희동2가, 성우빌딩)
- 대표전화
- 02-325-8222
- 운영시간
- 평일 09:30~17:30 (토·일·공휴일 휴무)
- 상담 언어
- 한국어 · 영어 · 중국어 · 일본어
