목차
- 2026년 기업부설연구소법 신설 — 무엇이 바뀌었나
- 기업 규모별 연구전담요원 인원 기준
- 연구전담요원 자격 기준
- 연구전담요원 인정범위 확대 — 2026 신규
- 연구 공간 요건 — 이동벽체 허용
- 부소재지 연구소 허용
- 설립 신청 절차
- 주의사항과 자주 하는 실수
1. 2026년 기업부설연구소법 신설 — 무엇이 바뀌었나
2025년 1월 31일 「기업부설연구소등의 연구개발 지원에 관한 법률」(약칭 기업부설연구소법)이 제정되어 2026년 2월 1일부터 시행되었습니다. 기존 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」에서 기업부설연구소 관련 규정이 분리·독립된 새 법입니다.
핵심 변화는 세 가지입니다. 첫째 연구전담요원 인정범위 확대(국가 R&D 사업 참여 석사과정자 포함), 둘째 연구 공간 요건 완화(이동벽체 허용), 셋째 부소재지 연구소 복수 설치 허용입니다. 기업에게 유리한 방향으로 규정이 완화되었으므로, 기존에 요건 미달로 포기했던 기업도 재검토할 필요가 있습니다.
2. 기업 규모별 연구전담요원 인원 기준
기업부설연구소 인정의 핵심인 연구전담요원 인원 기준은 기업 규모에 따라 다릅니다.
- 소기업: 3명 이상 (단, 창업일로부터 3년 이내 소기업·벤처기업·연구원·교원 창업기업은 2명 이상)
- 중기업: 5명 이상
- 중견기업: 7명 이상
- 대기업: 10명 이상
중소기업 여부는 중소기업기본법 기준을 적용하며, 업종별 매출액·자산 기준으로 판단합니다. 창업기업의 경우 2명으로도 신청 가능하므로, 스타트업 단계에서 빠르게 설립하는 것이 세제 혜택을 조기에 받는 방법입니다.
연구개발전담부서(연구소보다 완화된 조직)는 소기업·벤처기업이 연구전담요원 1명 이상으로도 인정 가능합니다.
3. 연구전담요원 자격 기준
연구전담요원으로 등록하려면 다음 자격 중 하나를 충족해야 합니다.
- 학위 기준: 자연과학·공학·의학·농학·수산학 분야 학사 이상 학위 소지자
- 자격증 기준: 국가기술자격법에 따른 기사 이상 자격증 소지자 (산업기사 불가)
- 경력 기준: 관련 분야 연구개발 업무 경력 4년 이상 (단, 국가기관 등의 인정이 필요)
중요한 점은 연구전담요원은 해당 연구소 업무에 전담해야 하며, 영업·생산·관리 등 다른 부서 업무와 겸직이 불가합니다. 겸직 발각 시 직권 취소 사유가 됩니다.
4. 연구전담요원 인정범위 확대 — 2026 신규
2026년 시행 신법의 가장 중요한 변화 중 하나입니다. 국가 R&D 사업에 참여 중인 석사과정자도 연구전담요원으로 인정됩니다.
기존에는 학위 취득자만 인정되었지만, 이제 국가 연구개발 사업에 참여 중인 대학원 재학생도 요건을 충족할 수 있습니다. 연구중심 스타트업이나 대학 연계 기업에게 특히 유리한 변화입니다.
- 기존: 학사·석사·박사 학위 취득자만 인정
- 신규(2026): 국가 R&D 사업 참여 중인 석사과정자도 포함
5. 연구 공간 요건 — 이동벽체 허용
기업부설연구소는 다른 부서와 구분된 독립 공간이 필수입니다. 기존에는 고정벽체(고정 파티션 또는 실제 벽)로만 구분이 가능했지만, 2026년부터 이동벽체도 인정됩니다.
- 기존: 고정벽체(고정 파티션·실제 벽·유리 고정 칸막이) 필수
- 신규(2026): 이동벽체 설치도 인정 — 소규모 사무실의 공간 활용도 향상
다만 공간 구분은 명확해야 합니다. 단순히 책상 배치만으로는 인정되지 않으며, 이동벽체라도 실제로 공간이 분리되어야 합니다. KOITA 현장 실사에서 공간 구분 여부를 직접 확인합니다.
6. 부소재지 연구소 허용
2026년 신법에서는 부소재지(지점·사업장)에 별도 기업부설연구소를 설치하는 것이 허용되었습니다. 기존에는 본사 소재지에만 설치 가능했습니다.
이로 인해 여러 지역에 사업장을 둔 기업이 각 사업장별로 연구소를 운영하며 세제 혜택을 받을 수 있습니다. 단, 각 소재지마다 인원·공간 요건을 별도로 충족해야 합니다.
7. 설립 신청 절차
기업부설연구소 설립 인정은 한국산업기술진흥협회(KOITA)에 신청합니다. 2026년부터 법이 변경되었으나, 신청 창구는 기존과 동일합니다.
- 1단계: 온라인 신청 (rnd.or.kr) — 기업 정보·연구원 정보·공간 정보 입력
- 2단계: 서류 제출 — 연구전담요원 자격 증명(졸업증명서·자격증), 사무실 임대차계약서, 공간 배치도
- 3단계: 서류 심사 (통상 1~2주)
- 4단계: 현장 실사 (서류 이상 시 진행)
- 5단계: 인정서 발급 — 발급일 이후 발생 비용부터 세액공제 적용
처리기간은 통상 2~4주이며, 서류 보완 요청이 있으면 지연될 수 있습니다. 행정사 대행 시 1회 신청으로 통과율을 높일 수 있습니다.
8. 주의사항과 자주 하는 실수
기업부설연구소 설립 시 자주 발생하는 실수를 미리 파악해두면 반려·취소를 예방할 수 있습니다.
- 인원 수 착각: 연구전담요원은 4대보험 2개 이상 가입자만 인정 — 프리랜서·외주 불가
- 겸직 등록: 영업·생산 직원을 연구원으로 등록하면 현장 실사에서 적발
- 공간 미확보: 신청 후 실사 전까지 공간 구분 완료 필수
- 지연 신청: 요건 충족 후 바로 신청해야 인정일 소급 없음 (소급 불가)
- 변경신고 누락: 연구원 변동·공간 변경 시 30일 이내 신고 의무
자주 묻는 질문
Q. 소기업인데 연구원이 2명입니다. 신청 가능한가요?
A. 창업일로부터 3년 이내인 소기업이거나, 벤처기업·연구원 창업기업·교원 창업기업이라면 2명으로도 신청 가능합니다. 3년을 초과한 일반 소기업은 3명 이상이어야 합니다.
Q. 대표자 본인도 연구전담요원이 될 수 있나요?
A. 네, 대표자가 이공계 학사 이상 학위 또는 기사 자격증을 보유하고 연구에 전담한다면 연구전담요원으로 등록 가능합니다. 단, 경영·영업 등 다른 업무를 겸직하지 않아야 합니다.
Q. 이동벽체로 공간 구분이 가능한지 KOITA에서 어떻게 확인하나요?
A. 현장 실사 시 담당자가 직접 방문하여 공간이 실제로 구분되어 있는지 확인합니다. 이동벽체라도 완전히 설치된 상태여야 하며, 실사 당일 임시로 설치하는 것은 인정되지 않습니다.
Q. 기업부설연구소 인정 후 세액공제는 얼마나 받을 수 있나요?
A. 연구전담요원 인건비의 25%를 법인세(소득세)에서 공제받습니다. 예를 들어 연구원 3명의 연간 인건비가 1억 원이면 2,500만 원 절감 효과입니다. 신성장·원천기술 분야는 추가 15% 공제도 가능합니다.
Q. 2026년 이전에 설립한 기업부설연구소는 어떻게 되나요?
A. 기존 인정은 계속 유효합니다. 다만 신법 시행 이후에는 새 법률 기준이 적용되므로, 이동벽체 허용·부소재지 허용 등 완화된 규정의 혜택을 받을 수 있습니다. 변경사항이 있으면 변경신고를 통해 반영하면 됩니다.
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